Фонд "Агентство регионального экономического развития" (АРЭР, краткое название – "Агентство регионального развития") был создан в декабре 1999 г. по инициативе Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации и Администрации Калининградской области. Первоначально учредителями Агентства были Всероссийский исследовательский институт внешней торговли Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации и Комитет по развитию Особой экономической зоны Администрации Калининградской области".