На оперативно-распорядительном уровне работой Агентства руководит Исполнительная Дирекция, возглавляемая Исполнительным директором, кандидатура которого утверждена Советом Фонда. В настоящее время Исполнительным директором Агентства является Наталья Владимировна Савина – профессиональный экономист с большим опытом работы по международным проектам и устойчивым профессиональным авторитетом в экспертном сообществе.

Состав Совета Фонда

Григорий Бунатян, Председатель Совета, Координатор экспертно-консультативного совета, член межведомственной рабочей группы по вопросам развития Калининградской области при Администрации Президента Российской Федерации (МРГ);

Алексей Игнатьев, Президент Ассоциации международных экспертов по вопросам развития Калининградской области, член экспертно-консультативного совета МРГ;

Станислав Пугинский, Член Совета Российского торгово-финансового союза, заместитель руководителя Федерального Агентства по промышленности.

Деятельность структурных подразделений Агентства сформирована по функциональному принципу, ими руководят соответствующие Директора, назначаемые Приказом Исполнительного директора по согласованию с Советом Фонда. Систематический контроль над оперативно - хозяйственной деятельностью осуществляет Совет Фонда, включающий представителей учредителей Агентства и авторитетных экспертных организаций. Совет Фонда в соответствии с Уставом принимает решения по выработке стратегии и тактики деятельности агентства, утверждает объем и направления расходования имеющихся в распоряжении Агентства фондов и средств, утверждает кандидатуры исполнительных работников Агентства.

Наиболее высоким по представительному статусу, органом управления Агентства является Попечительский совет. В состав Попечительского совета входят наиболее авторитетные и высокопоставленные представители государственных органов власти и управления научных и экспертных организаций, предприниматели и представители общественности, активно содействующие выполнению поставленных перед Агентством задач.

Состав попечительского совета Фонда

А.В.Шаронов - Заместитель министра экономического развития и торговли России
Ю.А.Савенко – Мэр г. Калининграда
В.А.Никитин – Председатель Областной думы г. Калининграда
М.В.Хейфиц – Генеральный директор "Концерна средне- и малотоннажного кораблестроения"
А.К.Ушаков – Директор Департамента федерального программ Российского Агентства по туризму
Н.Ф.Волов – Генеральный директор ОАО "Прибалтийский судостроительный завод "Янтарь"
А.П.Клемешев – Ректор Российского государственного университета имени И. Канта.

В полномочия Попечительского совета входят соответствующие представительные функции на всех уровнях профессиональной деятельности, способствующие наиболее эффективной реализации функций Агентства, а так же жесткий контроль над четким соответствием деятельности Агентства его Уставу.